Sodan alussa punaiset ottivat haltuunsa Etelä-Suomen tärkeimmät kaupungit: Helsingin, Turun ja Tampereen. Etelä-Suomen kaupungeissa ja maaseudulla asui paljon työläisiä ja torppareita, jotka kannattivat vallankumousta. Punaiset perustivat Helsinkiin oman hallituksen, jonka nimi oli kansanvaltuuskunta. Sen johtaja oli Kullervo Manner.
Pohjanmaalla asui paljon maata omistavia talonpoikia, jotka tukivat valkoisia. Suomen porvarillinen hallitus pakeni sodan alussa Vaasaan. Pohjanmaasta ja Pohjois-Suomesta tuli valkoisten tärkein tukialue.
Sodan molemmat osapuolet olivat kokemattomia. Suomessa ei ollut sodittu yli sataan vuoteen, eikä Suomessa ollut omaa armeijaa. Suurin osa suomalaisista miehistä ei ollut saanut mitään sotilaskoulutusta.
Varsinkin punainen armeija oli huonosti koulutettu, ja sen kuri oli heikko. Upseerit valittiin äänestämällä ja kuka tahansa saattoi joutua johtamaan hyökkäystä. Suurin osa punaisen armeijan sotilaista oli kaupunkien työläisiä tai maaseudun köyhiä ihmisiä. Heillä ei ollut kunnollista koulutusta. Punaiseen armeijaan liittyi myös jonkin verran venäläisiä sotilaita, mutta heidän merkityksensä jäi lopulta pieneksi.
Valkoinen armeija oli paremmin järjestäytynyt, ja sillä oli tiukempi kuri. Valkoisen armeijan johtaja Mannerheim oli palvellut pitkään Venäjän keisarin armeijassa. Valkoiseen armeijaan kuului enimmäkseen varakkaampia ihmisiä kuten maata omistavia talonpoikia, sivistyneistöä, opettajia ja muita virkamiehiä.
Helmikuussa valkoinen armeija vahvistui, kun Saksassa koulutetut jääkärit tulivat valkoisten avuksi. Jääkärit olivat taistelleet ensimmäisessä maailmansodassa Saksan armeijassa ja heillä oli kokemusta sodasta. Jääkäreistä tehtiin valkoisen armeijan upseereita, jotka alkoivat kouluttaa kokemattomia suojeluskuntalaisia. Helmikuussa valkoisten hallitsemilla alueilla otettiin myös käyttöön yleinen asevelvollisuus. Se tarkoitti, että kaikkien miesten oli pakko mennä valkoiseen armeijaan. Huhtikuussa valkoinen armeija vahvistui entisestään, kun Saksa lähetti miehiä valkoisten avuksi.
Sodan alussa punaiset yrittivät hyökätä pohjoiseen, mutta valkoiset onnistuivat pysäyttämään hyökkäyksen nopeasti. Sen jälkeen valkoiset aloittivat hyökkäyksen kohti etelää. Sodan ratkaiseva taistelu käytiin Tampereella huhtikuun alussa 1918. Tampere oli tärkeä kaupunki punaisille, koska se oli Suomen ensimmäinen teollisuuskaupunki, ja siellä asui paljon työläisiä. Se oli myös liikenteellisesti tärkeä paikka. Punaiset puolustivat kaupunkia sitkeästi, mutta lopulta valkoinen armeija onnistui valloittamaan Tampereen. Sen jälkeen Saksan armeija nousi maihin Etelä-Suomessa ja hyökkäsi kohti Helsinkiä. Punaiset menettivät taistelutahtonsa. Sisällissodan viimeiset merkittävät taistelut käytiin Viipurissa huhtikuun lopussa 1918. Valkoiset olivat voittaneet sodan.
Sodan lopussa monet punaiset ja heidän perheensä yrittivät paeta Venäjälle. Saksan armeija ja valkoiset pysäyttivät kuitenkin Venäjälle pakenevat ihmiset. Sen jälkeen he laittoivat punaiset vankileireille. Vankileireillä oli huonot olosuhteet ja ihmisiä teloitettiin ilman oikeudenkäyntiä. Vankileireillä oli sodan jälkeen noin 80 000 punaista. Noin 10 000 suomalaista pääsi pakenemaan rajan yli Venäjälle. Siellä he olivat suomalaisia pakolaisia.
Samaan aikaan pakolaisia liikkui myös toiseen suuntaan. Venäjällä oli sisällissota vuosina 1917 – 1922. Sen aikana Suomeen tuli noin 30 000 venäläistä pakolaista. He pakenivat Venäjän kommunistista hallintoa ja sisällissotaa.